La realizzazione dell’Interporto  offre l’opportunità di eseguire interventi di riqualificazione in un’area in cui coesistono zone fortemente degradate da presenze viarie e industriali e aree di elevato valore naturalistico. 
Il progetto prevede la realizzazione di nuove unità ecosistemiche, corridoi ecologici, fasce ecotonali, fasce di mitigazione e barriere vegetazionali il più possibile continui per favorire un aumento della permeabilità complessiva; infrastrutture per il superamento di barriere artificiali da parte della fauna; habitat specifici per garantire le diverse esigenze vitali per la fauna.
Sono stati inoltre pianificati specifici protocolli di  biomonitoraggio (IBL, IFF, IRFC).